32年前に、あの【ゴジラ】の恐怖が再び現れる！

10年の時を経て、再びよみがえったゴジラ。キャッチコピーも「80メートル、5万トン、列島をひき裂く巨大怪獣」など様々。

1954年の初代ゴジラシリーズが昭和ゴジラシリーズと呼ばれ、このゴジラは平成ゴジラシリーズと呼ばれている。

しかし、この第16作目のゴジラは昭和最後に公開された作品でもあります。

1984年のゴジラの話はこんな話。

第2期ゴジラとして、製作された「ゴジラ」は、第16作目ではありますが、1954年初期「ゴジラ」の続編として作られました。

配給収入は17億円とも言われ、ゴジラ誕生30周年記念映画として製作されたのです。

伊豆諸島の大黒島で巨大な噴火が起き、その3か月後、大黒島付近を航行していた漁船「第5八幡丸」が消息不明となります。

消息不明から一夜明けて、新聞記者の牧五郎はヨットでの航海中に「第5八幡丸」を偶然、発見して船内に乗り込むが、そこで発見したのは、武器をもってミイラ化した船員の死体だった。

そんな船内でまだ生きていそうな奥村宏を発見した。その時！

体長１ｍはあろうかという巨大なフナ虫に襲われてしまい、絶体絶命のピンチを意識を取り戻した奥村宏に助けられるのです。

奥村は牧に、遭難していたとき、怪光を発して崩壊する大黒島の中から咆哮と共に現れた巨大な怪物を見たと語った後、海上保安庁に保護されて、警察病院へと搬送されます。

病院に搬送された奥村を見舞う林田信は30年前のゴジラの姿を見せて、奥村がみた生物がゴジラだと確信する。

大黒島の噴火をきっかけに、ゴジラが復活してしまったのだ。そのゴジラの放射能を浴びたフナ虫が巨大化し、今回のミイラ事件が起きたのだと予測する。

林田の報告を受けた、日本政府はゴジラ復活を報道すれば、国民のパニックへとつながることから報道規制を敷いて、第5八幡丸の発見と、奥村の発見をひた隠しにするのである。

日本政府が対策を検討している頃、日本近海を航行していたソ連の原子力潜水艦が何者かに撃沈される事件が発生する。

アメリカは関係ないと事件の関与を否定してが、ソ連はアメリカに違いないと臨戦態勢にはいる。

東西冷戦が打ち切られ、戦争への幕開けになる寸前、原子力潜水艦の撃沈がゴジラによる襲撃と判明した。

アメリカとソ連の衝突を避けるために、日本政府はゴジラ報道の解禁をいやめなくすることになった。

アメリカ、ソ連の両国を巻き込んだことで、ゴジラ対策の核兵器使用の問題も起きてしまうのだ。

政府は、ゴジラ撃退の策を模索しながら、日本政府の新兵器「スーパーＸ」を出動させたり、学者によるゴジラ誘導作戦など一大プロジェクトが繰り広げられるのである。

果たして、日本列島を襲うゴジラを撃退することが出来るのか。