ある場所に、失われた王国タルテソスの遺跡があり、そこがナディアの故郷と判明。
その後ナディアは「ブルーウォーターの継承者」しか入れない場所へ。
そこで、ブルーウォーターの真の力を知り、驚愕。
自分は神にも悪魔にもなりえる。つまり、世界を救うことも滅ぼすこともできる。
その運命を受け入れたナディアが、遂にネオアトランティスに拉致されます。
ニューノーチラス号でネモ船長らに再会したジャンたちは、「ナディアを助けたい」と、ネオアトランティスの牙城レッドノアへ。舞台は宇宙へと移動しました。
「愛」とは
そこにいたのは、自我を奪われたナディアと、その兄ネオ皇帝。
ジャンの呼びかけにも反応せず、兄妹揃って父であるネモ船長を銃で撃つのです。
ネモ船長は「ナディアを撃て」と言うのですが、銃を構えることこそできても、引き金を引くには至りませんでした。
「できません・・・」目を覚ますように言いますが、何の意味もない。しかしそこにニューノーチラス号の砲撃が。
ネモ船長が瀕死の状態であることを受け、エレクトラが命令を下したのです。
その衝撃で、ネオ皇帝の正体が明らかになりました。
彼の体はほとんどが機械化。ガーゴイル曰く「自身の傀儡」。
しかし、制御装置が壊れたのか、タルテソス王子ビナシスの自我は取り戻されました。
「ナディアの制御装置を壊す」目を覚まさせるにはそれしかないと、父に言われて。ニューノーチラス号突撃の衝撃によりねじが落ちるのも構わず妹に近づきます。
あともう少し・・・そこで、ガーゴイルが電源を抜いてしまいました。
「所詮お前は機械人形」・・・しかし、電力の供給を断たれても尚、ビナシスは動き始め。ナディアの頭部につけられた制御装置の破壊に成功します。
兄妹の再会と、「姫」の決断
ナディアは、自身に呼びかける声に、ふと目を開けます。そこには一人の少年が。
「自分も、人と一緒に生きたかった」そう言ってほほ笑んだ少年は、力尽きた兄、ビナシス。
「お兄さん！」兄妹の真の再会は、ほんのわずか。妹は、機械化された兄の骸骨を見て、悲鳴を上げます。
ここまで来てガーゴイルに協力などできません。先の攻撃でレッドノア自身の制御装置も壊れたため、このままでは大気圏に突入し、皆志望する。
ナディアは「父や兄が新年のため命を懸けた」からと、このままレッドノアを沈める覚悟を告げ、ジャンもそれに同意します。
ガーゴイルはエレクトラを攻撃。それでも言うことを聞かないとみるや、ジャンを殺害します。
帰還
形勢逆転かと思われた時、今度はニューノーチラス号本体が突っ込んできました。
ジャンの死体にすがって泣くナディアに、ネモ船長は言います。
「ブルーウォーターを使えば、生き返らせることができる」と、自身のブルーウォーターを渡して。しかし、それをすれば船長の命が危うい。
「命を奪う」ことを嫌うナディアにとっては苦渋の選択。しかし、船長を愛するエレクトラが優しく語りかけるのです。
「何よりも、自分の好きな男の子を守りなさい。それが女というもの」
覚悟を決め、二つのブルーウォーターに願いを翔けると、両者は融合をし、光を放ち始めました。
そこに、しぶとく生きていたガーゴイルが乱入。
「ブルーウォーターの輝きが失われる！」と無理にでもやめさせようとするのですが、ブルーウォーターの発する光に触れた途端、彼の体は塩となって崩れ始めました。
「その光に触れられるのは、アトランティス人だけ」ガーゴイルはアトランティス人ではなく、人間だったのです。
「数の少ないアトランティス人に何ができる。もう地球は人間たちの物だ」その言葉を受け入れたかのように、ガーゴイルはただ一言別れの言葉を残し塩となって崩れ去りました。
脱出を図るも、エネルギーはあまりなく。それでも「必ず生きて帰す」ことをあきらめないネモ船長はある行動へ。
それは、皆を初代ノーチラス号と同じ船に避難させ、自分はニューノーチラス号に残って主砲を操作、活路を開くというものでした。
グランディスに子供たちを託し、そしてエレクトラに、自分たちの子を託し。
初めて自分を父と呼んでくれた娘に「生きろ」と言い残し、レッドノア、ボロボロのニューノーチラス号共々爆発。立派な最期を遂げました。
目を覚ましたジャンは、地球を見て「あなたたちの星」と言うナディアに「ボクらの星だよ」と優しく言うのでした。
最後、成人したマリーが「その語」を語り、終了します。ラストでマリーが飛ばしたおもちゃの飛行機が、エンディングアニメで飛んでいた飛行機になる、という演出は見事でした。
