昭和の最後のヒーロー、ウルトラマン８０は、今も生きている。

激しかった怪獣との戦いが過去のものとなり、地球には平和が続いていた。
そんなある日、桜ヶ岡中学校に新人教師・矢的 猛（やまと たけし）が新しく赴任してきた。「一所懸命」をモットーとする彼は早速、1年E組を受け持つことになったが、5年ぶりとなる怪獣復活を確信して個人的に調査を続けていた。猛こそ、M78星雲から秘密裏に地球に派遣されていたウルトラマン80の仮の姿だった。人間の負の感情・マイナスエネルギーが怪獣を生み出すということに気付き、それを根本から断つために教鞭を取っていたのである。
5年ぶりに出現した怪獣クレッセントを倒した後、猛は地球防衛軍の極東エリア・UGMのオオヤマ一樹キャップからのスカウトを受け、UGMに入隊。UGM隊員と教師という2つの職業とウルトラマンをかけもちしつつ、怪獣と戦っていくことになる。

あのレッドキングや、ゴモラも復活し、ウルトラマン80との死闘を繰り広げるのであった。

上空から広がる謎の冷気。一瞬で南原市は凍りつき、動物園ではキリンも象も氷になるほどだった。
ＵＧＭでは対策会議を開き、なぜそうなったのか会議で議論したが原因をは不明。ひとまず待機命令が出た。
その時、キャップは猛をじっと見つめて去っていく。


このウルトラマン80の最終話は、賛否両論の意見があります。

ただ、裏話としては、作家さんもこれが最終話になるとは知らされていなかったらしいです。

その頃、南原市に怪獣が出現し、垂直降下攻撃を指示するオオヤマ。
攻撃は失敗し、マーゴドンの巨体を利用してその場を離脱。ひとまず基地へ戻り、作戦を立て直すことになった。

怪獣はマーゴドンと名付けられ、分析の結果、熱エネルギーを吸収する宇宙怪獣と判明。
このままでは地球全体が暗黒の星になってしまうほど。

この怪獣が最強最後の怪獣。この怪獣に勝てばＵＧＭは無敵だ。
そんな中に、８０に頼ろうとするイケダとセラをオオヤマキャップは一喝。
「バカモン！もうウルトラマン８０は現れない！」。

「８０の助けは要らない。
　断固として８０の力を借りないで怪獣をやっつける！」

硬くて脆いというのが氷の性質。
その弱点を利用する「ジャイアントボール作戦」を開始。

作戦は失敗し、あわてて駆け出す猛と涼子。８０に変身しようとする猛。
しかし、キャップが２人を呼び止めた。

「これまでウルトラマン８０には随分助けられた。」
「これまでのお礼を言うよ･･･ウルトラマン８０。」
「やはり知ってたんですね。ボクがウルトラマン８０であることを。」
「うん。私とイトウチーフは知ってしまった。と言ってもついこの間だ。
　矢的･･･いや、ウルトラマン８０。君には感謝している。」
頷く猛。
「しかし、いつまでも宇宙人である君に力を貸して貰うことに悔しさもあった。
　地球はやっぱり地球人の手で守らねばならん。」
「でも、広い意味では地球人も宇宙人です。」
頷く涼子。
「宇宙人同士力を合わせて敵に向かうのは当たり前じゃありませんか。」
「いや、君の方に事情があることも知ってしまった。
　ウルトラの星に戻らなければならんだろう？
　それに今度の戦いで君は傷ついている。」

「もう、８０に変身しないでくれ。･･･俺は行くぞ！」
駆け出すキャップを見送る猛と涼子。

「ジャイアントボール作戦」開始。凍りつきひび割れるマーゴドンに鉄球が炸裂！

砕け散るマーゴドン。

ついに勝利をてにしたＵＧＭの頑張りで、南原市に平和の灯がともされた。

「いよいよ、お別れだな。ウルトラマン８０。」
「ええっ？」


猛と涼子のお別れパーティーが開かれ、別れの言葉を述べる２人。泣き崩れるユリちゃんが、
「本当は･･･本当はウルトラマン８０にいつまでもいてほしかった。」

２人は地球最後の一日を思いっきり楽しむことにした。
海岸で猛と涼子は８０とユリアンに変身。

地球に別れを告げて飛び立った。