海底人の存在を知られたくない首相はドラえもんたちにムー連邦で一生暮らすことを命じます。
それに怒ったドラえもんたちは「とおりぬけフープ」で居住区を脱出。ジャイアンとスネ夫を救出し、国外逃亡を図ります。
「カメレオンぼうし」を使って地中を進んで国境突破しますが、この帽子では垂直には動けないため海溝の終わりで立ち往生してしまう。海底人の警備隊はずっとウロウロしていて、ドラえもんたちは出るに出られません。
カメレオンぼうし
そこにバトルフィッシュが現れます。不意打ちをくらい墜落するエル。
とどめを刺すために戻ってきたバトルフィッシュをみて、思わずジャイアンが助けに飛び出してしまいます。
エルを救った五人でしたが、集ってきた海底人たちによって国外逃亡の罪で再び捕らえられ、法廷では死刑が求刑されます。
鬼岩城
そこに「鬼岩城が活動を始めた！」との報告が入ってきました。
鬼岩城には誰一人として近づけないようにしていましたが、海底火山を敵襲と勘違いして自動報復システムが作動し、臨戦状態に入ってしまったのだといいます。
世界の破滅を防ぐには鬼岩城に潜り込みポセイドンを破壊するしかありません。
不思議な力を持つドラえもんに頭をさげ、世界を救って欲しいと頼む首相。こうしてドラえもんたち五人とエルは、バギーで鬼岩城に向かうことになりました。
バミューダトライアングルに張られているバリアは少しでも触れると大爆発。そこで「カメレオンぼうし」を再び使い、地中からバリア内へ侵入を試みます。もし、地中までバリアが伸びていたら全員即死の場面です。
しずかちゃんがおとりに
バミューダトライアングルの広さは日本の倍以上。鉄機隊というロボット騎士団が守っている鬼岩城を歩いて探すのは困難ですので、バギーちゃんに乗って進みます。
途中、バギーちゃんは恐怖のあまり、それ以上の出動を拒否。そこでしずかちゃんがおとりになって捕まることを提案します。
しずかちゃんは鉄機兵に捕えられ鬼岩城へ連れて行かれます。後をつけたドラえもんたちは鬼岩城をついに発見。ポセイドン破壊としずか救出を誓い、それぞれ武器を持ち神殿に侵入。襲いくる鉄騎隊をかわしながら、目指すはポセイドンただひとつです。
ポセイドンの前に連れられたしずか。アトランチスは滅びたと言ってもポセイドンは聞く耳を持ちません。
攻撃を受け眠りから覚めたからには、今から世界中に鬼角弾（核）を発射するといいます。
そんな中、ドラえもん達は鉄機兵の大群を突破できず、倒れるドラえもん。他の仲間も次々と捕らえられていきます。
「もう、おしまいなのね。なにもかも」
鬼核弾発射前に生贄としてしずかの首をはねさせようとするポセイドン。
ドラえもんに覆い被さり涙を流すしずか。「もう、おしまいなのね。なにもかも」
「ナイテイルノ？シズカサン」「ナカナイデ、ボク、シズカサンノタメナラナンデモスル」
そう言うとドラえもんのポケットからバギーが飛び出してきました。
「コイツダネ、シズカサンヲナカセタノハ！」
叫びながらバギーはポセイドンに向かって走り、攻撃を受けてもなお止まらないのです。
そして、ついにポセイドンに飛び込んだバギー。ポセイドンは大爆発とともに消滅します。
爆風に飛ばされたしずかとドラえもん。ドラえもんはポセイドンを倒したことを喜びます。しかししずかはバギーのことが気がかりです。しかし、とにかく噴火の前に逃げなくてはいけません。
一生忘れない
バギーのかけらであるネジを見つめるしずか。一生忘れないと誓い、バギーを思って涙します。
地上に戻った五人はエルと固い握手をかわします。身を捨てて世界を救った勇敢な少年達と、バギーの功績は永久にムー連邦に語り継がれるでしょう。
「いつの日か、海底人と陸上人が仲良く手を取り合える日まで…」
きっとくるその日まで。別れを告げ、エルは海に帰っていった。
