ゲームを始めると、主人公・ハッサン・ミレーユの3人でムドーに挑むイベントが流れる。
実はこれは現実の世界で起こった出来事。
ここでムドーに精神を夢の世界へ運ばれてしまった主人公は夢の世界のライフコッドで目覚め、再びムドーを倒しに行くのだ。
ムドーとの戦い
ここではオープニングで流れた現実の世界での戦いと違い、チャモロが仲間になっている。
さらにバーバラもパーティにいるのだが、ムドーとの戦いの前になぜか離脱してしまう。
いざ、自分探しへ
ムドーを倒した後は自分自身を探す旅に出ることになる。
ここから先は決められた攻略順はなく、プレイヤーは自由に世界を回っていくのだ。
バーバラの正体は黄金のドラゴン？
この「ドラゴンクエストⅥ 幻の大地」では、作中で明確に語られていない部分が多いことも特徴だ。
たとえばムドーと戦う前にバーバラが離脱するシーンでは、なぜバーバラがパーティを離れたのか、ゲーム内では一切語られていない。
ファンの間では、ミレーユがオカリナを吹いて呼んだ金のドラゴンがバーバラの本来の姿であり、主人公たちをムドーの城へ運ぶためにバーバラがパーティから離脱したという説がまことしやかにささやかれていた。
しかし、この説は堀井雄二が「バーバラ＝金のドラゴンという設定で作っていた時期もあった」と近年になって語ったこともあり、今では否定されている。
しかし、作中ではあえてそのことを曖昧にすることで、プレイヤーに想像の余地を残したとのことである。
発売から長い年月が経った今もこうしたストーリーの解釈が話題に上がることが、この作品の人気の証と言えるのではないだろうか。
