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最終回
輝はミンメイと未沙の二人の間で揺れていた。
そんなとき、ミンメイは輝に軍人をやめたら自分も歌手をやめてもいい。軍人として殺し合いをする必要はないといい、昔の事を思い出す。
マクロスに閉じ込められ二人でいた時に結婚式でもあげようかと言った事を。そしてそのころに戻りたいと訴える。
そのころ、地球の文化になれることができなかったカムジンは軍を再編してマクロスへと攻撃を仕掛けるべく戦艦を飛び立たせる。
未沙はマクロスの中で海を見つつ軍を退役すること、そして輝から身を引くことを考えていた。しかし、ブルーノに新しく建造される艦長を任命したいと言うが、未沙はブルーﾉに軍を退役しようとすることを伝える。
それを聞いたブルーノは今後の地球の未来、宇宙にいる異星人の軍勢に襲われたら地球はひとたまりもない事、そのための軍備を整えたら地球はどうなるかと未沙に伝える。
未沙は輝とミンメイの元に向かい、自分は宇宙移民計画の艦の艦長になることを決め、そして自分は輝の事が好きだと伝える。
未沙がマクロスに戻ろうとするのを追おうとする輝。それをミンメイは止めるがその時、街が爆撃され攻撃を受ける。
輝はミンメイの制止を振り切り未沙を見つけると共に戦場に向かおうとするが、ミンメイがそれに追いつく。
ミンメイは輝に何故戦いに行くのかと問うが未沙はミンメイに何故歌うのかと問いかけ、それは自分の歌を好きでいてくれる人たちの為じゃないかいい、マクロスに向かう。
輝も一人にしないでと言うミンメイに対して一人じゃない、歌があるじゃないかと言ってマクロスへと向かう。
バルキリーに乗った輝が出動し指令室に未沙が向かっている時、敵の主砲がマクロスに直撃する。
新指令室はその一撃で機能が停止するが旧指令室が昔のままなことを思い出した未沙は全員にその指令室に向かう事を指示する。そこにはブルーノとクローディアがマクロスを浮上させる準備を進めていた。
浮上したマクロスは敵の戦艦に向かって主砲を発射。敵艦に命中させ大破させるが、敵艦はマクロスに向かって突貫し、マクロスを大破させながら自身も自爆する。
闘いが終わった後、輝と未沙に合流するミンメイはどこか知らない場所に向かい歌を歌い続け、自分の歌を見つけることを決意したことを伝え、さらに自分の歌を見つけた時、未沙の船に乗せてもらえないかと問いかけ了承を得る。
ミンメイは輝の頬にキスをした後どこかに走り去る中、雪が降り始め輝と未沙はそれを見送り、どこからか聞こえるミンメイの歌を聴きながら寄り添う。
