超時空要塞マクロス

西暦1999年、宇宙より巨大な物体が飛来してきた。
それは巨大な宇宙船であり、このことから人類は異星人の存在を知る。宇宙からの脅威に立ち向かうために人類は地球統合政府を樹立し、落下してきた宇宙船を改修し宇宙からの脅威に備えた。改修された宇宙船は「マクロス」と名付けられた。
マクロスの進水式当日、地球付近に異星人であるゼントラーディの艦隊が現れるとマクロスのシステムが勝手にその艦隊の戦艦を撃墜してしまい、人類は異星人戦争へと巻き込まれることになる。
マクロスはフォールド航行によって月の裏側へと待避しようとするが制御をすることができず、南アタリア島を巻き込んで冥王星軌道まで飛ばされ、フォールド機能も失ってしまう。これにより通常航行でマクロスは地球を目指すことになる。
南アタリアの住人はマクロス艦内に街を作り、普通の生活を送っていた。その中の一人、一条輝は少女、リン・ミンメイを守るために軍に入隊しバルキリーのパイロットとなる。
闘いのさなか、ゼントラーディ人は地球人の持つ文化や娯楽、特にキスやラブソングはゼントラーディ人に多大な影響を与え、人類はアイドルとなったミンメイの歌によってゼントラーディ人に多大な影響を与えながら戦い勝利する。

輝はミンメイと未沙の二人の間で揺れていた。
そんなとき、ミンメイは輝に軍人をやめたら自分も歌手をやめてもいい。軍人として殺し合いをする必要はないといい、昔の事を思い出す。
マクロスに閉じ込められ二人でいた時に結婚式でもあげようかと言った事を。そしてそのころに戻りたいと訴える。
そのころ、地球の文化になれることができなかったカムジンは軍を再編してマクロスへと攻撃を仕掛けるべく戦艦を飛び立たせる。
未沙はマクロスの中で海を見つつ軍を退役すること、そして輝から身を引くことを考えていた。しかし、ブルーノに新しく建造される艦長を任命したいと言うが、未沙はブルーﾉに軍を退役しようとすることを伝える。
それを聞いたブルーノは今後の地球の未来、宇宙にいる異星人の軍勢に襲われたら地球はひとたまりもない事、そのための軍備を整えたら地球はどうなるかと未沙に伝える。
未沙は輝とミンメイの元に向かい、自分は宇宙移民計画の艦の艦長になることを決め、そして自分は輝の事が好きだと伝える。
未沙がマクロスに戻ろうとするのを追おうとする輝。それをミンメイは止めるがその時、街が爆撃され攻撃を受ける。
輝はミンメイの制止を振り切り未沙を見つけると共に戦場に向かおうとするが、ミンメイがそれに追いつく。
ミンメイは輝に何故戦いに行くのかと問うが未沙はミンメイに何故歌うのかと問いかけ、それは自分の歌を好きでいてくれる人たちの為じゃないかいい、マクロスに向かう。
輝も一人にしないでと言うミンメイに対して一人じゃない、歌があるじゃないかと言ってマクロスへと向かう。
バルキリーに乗った輝が出動し指令室に未沙が向かっている時、敵の主砲がマクロスに直撃する。
新指令室はその一撃で機能が停止するが旧指令室が昔のままなことを思い出した未沙は全員にその指令室に向かう事を指示する。そこにはブルーノとクローディアがマクロスを浮上させる準備を進めていた。
浮上したマクロスは敵の戦艦に向かって主砲を発射。敵艦に命中させ大破させるが、敵艦はマクロスに向かって突貫し、マクロスを大破させながら自身も自爆する。
闘いが終わった後、輝と未沙に合流するミンメイはどこか知らない場所に向かい歌を歌い続け、自分の歌を見つけることを決意したことを伝え、さらに自分の歌を見つけた時、未沙の船に乗せてもらえないかと問いかけ了承を得る。
ミンメイは輝の頬にキスをした後どこかに走り去る中、雪が降り始め輝と未沙はそれを見送り、どこからか聞こえるミンメイの歌を聴きながら寄り添う。