「ルドラの秘宝」！それはＦＦで有名なスクウェアが誇る、もう一つの大作ＲＰＧ！！

4人の主人公がいます。

シオン
ライフジェイド所持者
シオンの章主人公。
クリューヌ王国の兵士で魔物ハンターでもある剣士。
師ターレスに剣の稽古をつけてもらっていたが、ターレスはとある任務で旅に出たきり失踪してしまう。
１年後、「武人の塔」なる武術大会を制しターレスの後継者となるべく、シオンは修行を続けていた。
ジェイドは右目に宿る。ちなみに月給は100ラグである。使用武器は剣・大剣・曲がった刀（曲刀）。最終ボス戦の内容がシナリオ展開で変化する。

サーレント
リバイブジェイド所持者
サーレントの章主人公。
トール火山に住む予言者ソロンを師匠に持つ言霊師。理知的な見た目通りに性格は冷静だが、優しさも持っている。ソロンの予言にて自身がルドラやラゴウ石に関わる事を知り、調査に乗り出す。
ハ虫類族のルドラ「ラズム」に襲われ一度死亡し、生と死の間を行き来しながら過酷な運命に翻弄される。ジェイドは体内に宿ったとされるが、どこであるかは作中では語られていない。
使用武器は杖・ナイフ・バードカッター。最終ボス戦の前の選択肢によるシナリオ分岐がある。

リザ
ホーリージェイド所持者
リザの章主人公。
辺境の町カーンで育った僧侶ゼクウの孫娘。生まれながらに額にジェイドが宿っていた。
まだ赤ん坊の頃に世界を浄化する旅に出てしまった母親を追うために、そして未だなされていない世界の浄化を進めるために旅に出る。
ホーリージェイドの力で動物等の言葉が理解できる。バベルの街の兵士たちとの戦闘を「軽い運動」と言い切るなど、武術にもそれなりに通じる。
使用武器は杖・レイピア・弓。

デューン
デスジェイド所持者
上記の3人のシナリオを全てクリアすると出現する、デューンの章主人公。
相棒のキッドを従えるトレジャーハンターを名乗る男。各地の遺跡に現れては素早い身のこなしでお宝を奪い取ってしまう。上記3人のシナリオでは主人公達の邪魔をしたり、協力関係になるなど様々な立場にある。シオンパーティから「遺跡あらし」と呼ばれる。その行動には何かの理由があるらしい。
ジェイドは左手の甲に宿る。使用武器はナイフ・ライフル・マシンガン・ボウガン。
「デューン」の名は本作の開発を行った旧・スクウェア大阪開発部がかつて製作した
『時空の覇者 Sa・Ga3 　完結編』の主人公と同じである。

ルドラとは・・・
4000年ごとに現れ、それまで繁栄していた種族を消し去り新たなる種族を作り出すとされている生物。巨人族を作ったのは巨人族のルドラ、などの認識が一般的。新たなる種族に適合した姿をしている。

また、ジェイドとは本来は、人の手にあってはいけない秘宝のこと。
ルドラがその身に宿しているとされ、ルドラ以外の生物が触れた途端に暴走又は石化してしまう。
ルドラの秘宝の主人公四人は何かしらの事情でこのジェイドが体内に埋まってしまうことになるが、ルドラではないにもかかわらず暴走などの副作用を受けない。

ラゴウ石
ルドラが現れ、また戻っていく謎の巨大石版。
構成している石自体が不可思議な鉱石でもあり、研究が進められている。ミュンヒ博士が命名。