やってやるぜ！超獣機神ダンクーガをふりかえってみよう

20世紀末、侵略者ムゲ・ゾルバドス軍の攻撃により、地球は壊滅的な打撃を受けてしまった。絶体絶命な状況かと思われたが、ロス・イゴール長官と葉月博士が密かにイーグルファイターら4体の「獣戦機」を完成、藤原忍ら4人を招集し「獣戦機隊」を編成した。
「獣戦機隊」とは、野生的な戦法を持つ独立部隊の事で、忍の命令違反的行動によって街が崩壊してしまう等、任務失敗のケースが見られるが帝国の撃退率はその野生さから極めて高い。
本作は、「獣戦機隊」がダンクーガと共にムゲ帝国と戦いを繰り広げていく物語である。

ルーナとギルドロームの裏切りで、ムゲ帝国に見捨てられたシャピロは逆襲に出た。
しかし、残された戦力ではダンクーガとガンドールに立ち向かえるはずもなく火星基地は破壊された。
野望を果たせぬまま、シャピロはアステロイド基地で倒れたのだった。
シャピロの亡骸を抱いたままの沙良。それを忍達が静かに見つめる。沙良の気持ちを想い、敢えて何も言わずにいた。やがて沙良が忍達の方を向くが、それと同時に気を失い倒れてしまう。
そして突如巨大な振動が響き、アステロイド基地崩壊までのカウントダウンが始まる。それに気が付いた葉月博士は、忍達に離脱命令を出しアステロイド基地を脱出する。シャピロを残したまま、アステロイド基地が炎に包まれていく。

その後、葉月博士と忍達はムゲ帝国の分析を行っていた。ムゲ帝国はこことは別の宇宙にあり、そこへ行く為にはガンドールのエネルギーに乗ってダンクーガが異空間をワープせねばならない。しかし沙良は戦力として期待できない。沙良抜きで戦う方法を考えてみたがいい案が浮かばず、悔しさを噛みしめる忍。
すると沙良が忍達の前に現れ「私に失うものはもう何もない。どこへだって行くしとことん戦ってやる、だから私抜きでそんな事決めないでくれ」と決意を表明した。忍達は改めてムゲ帝国打倒を誓うのであった。

突如ガンドールに降り注ぐ攻撃。ギルドローム将軍と乗機ギルバウアーが現れた。
これに対抗すべくダンクーガが出撃するが、ギルドロームの幻覚攻撃に惑わされてしまい、辛い戦いを強いられる。なんとか幻覚から立ち直った忍達。そこを狙って葉月博士がダンクーガとギルドローム将軍のいる方向へガンドール砲を発射。ダンクーガはギルドロームに体当たりしガンドール砲をくらわせた。
ビームエネルギーを浴びてギルバウアーを撃破。そのエネルギーに乗り、ダンクーガはそのままムゲ帝国を目指し異空間へとワープする。

異空間内ワープ中に、先の戦いで負傷し帰還途中だった敵のルーナ機を体当たりで弾き飛ばし、ルーナ樹は爆発四散。ダンクーガはそのまま何事もなかったかのように、ムゲ帝国を目指す。
完全な巻き添えである。

その頃、葉月博士は泉のそばで祈りを捧げるローラを見つける。
ローラ「お兄ちゃんたち、みんな元気で帰って来る。そうだよね?」
葉月「あぁ、そうだとも。きっと帰って来るさ。彼らのことだ。きっと帰って来る。」
葉月「さぁ、帰ろう」
ローラ「うん」
洞窟を出る2人。
外には太陽の光が満ち、草花に覆われた大地がどこまでも広がっていた。