1999年には京都パープルサンガで、カズと”W三浦”による2トップ！
1998年になると試合出場機会が減少。翌1999年に横浜マリノス在籍時に指導を受けた清水秀彦に請われて京都パープルサンガへ移籍。しかし、清水体制2年目だったが、1stステージが14位と振るわず、清水が解任されてしまう。
チームは7月に元日本代表監督の加茂周を監督に就任させ、元日本代表の三浦知良も獲得。三浦知良との”W三浦”による2トップも経験した。
しかし、シーズン途中でジュビロ磐田へと移籍する。磐田では同年末にJ1年間優勝を経験。また、この頃からポジションをボランチに転向した。
京都パープルサンガ時代のカズこと三浦知良
2001年にFC東京へと移籍する。背番号「10」を背負った。
2002年には開幕直後の対浦和レッズとの試合で、相手FW福田正博と激突。この時に左膝前十字靭帯断裂及び内側側副靱帯を損傷する大怪我を負い長期離脱を余儀なくされた。
年末の「天皇杯」で復帰するも、投入後わずかで自ら交代を申し入れ、本格復帰は翌2003年になった。
FC東京ではバランスを取りながら中盤を安定させ、攻守に貢献するプレー面だけではなく、チームを束ねる精神的主柱としても絶大な信頼を集めた。2004年には「ナビスコカップ」で優勝を果たした。
FC東京時代、「10番」を背負った！
2005年、ベテランの三浦は大きく出場機会を減らすが、先発出場の際には好パフォーマンスを見せており、三浦としてもJ2など下位クラブならばまだ十分通用するという自信を持っていた。しかし、愛着あるクラブでの現役引退を望み、2006年11月24日に現役引退を表明した。
引退後は、FC東京残留を希望し、翌2007年から同クラブのトップチームのコーチに就任し、指導者としてのキャリアをスタートさせた。
FC東京での指導経験を経て、古巣である横浜マリノス（当時は横浜F・マリノス）から招聘され、2009年よりトップチームコーチに就任。2010年からはジュニアユースのコーチを務め、この間にA級コーチジェネラルライセンス及びS級ライセンスを取得している。
以降、アルビレックス新潟、アビスパ福岡のコーチ、AC長野パルセイロの監督を経て、2017年よりアルビレックス新潟の監督に就任している。
現役時代のキレのあるドリブルのように鋭い采配に期待したい。
