2000年代もインテルで活躍！
2005-06シーズンにはコッパ・イタリアで2連覇を達成。カルチョ・スキャンダルによってユヴェントスのスクデットが剥奪され、インテルが繰り上がりでリーグタイトルを獲得した。
2006-07シーズンにはリーグ戦で2連覇を達成。
2007年11月24日、ジュゼッペ・メアッツァで開催されたアタランタBC戦で、セリエA通算400試合出場を達成。
2009-10シーズン、セリエAで5連覇を達成。
UEFAチャンピオンズリーグでも順調に勝ち上がり、決勝ではバイエルン・ミュンヘン（ドイツ）を2-0で破って45年ぶりの優勝を果たした。
決勝はインテルでの700試合目という節目の試合だった。キャプテンとしてビッグイヤーを掲げ、3冠を達成した。
サネッティはインテルのまさしくレジェンドだった！
ハビエル・サネッティの性格
敬虔なカトリックである。インテルでチームメイトだったウェズレイ・スナイデルとは親友であり、スナイデルはサネッティの影響でカトリックに改宗した。
音楽制作にも積極的で、「Parole parole」という曲をスペイン語でカバーした。
また、2012年には「インドネシアン・アイドル」に出演。
エロス・ラマゾッティの「Più bella cosa」という曲を生演奏した。
長友（背番号55）とサネッティ（背番号4）らが集まり、「お辞儀」パフォーマンス！
2014年に引退し、現在はインテルの副会長を務めている。
