90年代以降も『ゲッターロボ號』（石川健）、『頑丈人間スパルタカス』（安永航一郎）、『超兄貴』（田丸浩史）、そして『トライガン』（内藤泰弘）など、この雑誌ならではの自由な編集方針でヒット作を次々と開拓していきます。しかし、それら連載作品の単行本は売れ行きが非常に好調だったものの、肝心のキャプテン本誌は徐々に部数を落とし、「単行本の見本誌」と揶揄されるような状況になっていきます。
そして1997年、月刊少年キャプテンは突如として休刊します。
前述の部数低迷が原因のひとつだとも言われていますが、その決定はあまりにも突然であり、編集長ですら休刊を知らされていなかったといいます。そのため『トライガン』『強殖装甲ガイバー』『宇宙家族カールビンソン』など他誌に移籍した作品を除き、それ以外の連載作品は全て打ち切りによる未完か、単行本で加筆した上での完結を余儀なくされました。
集英社『月刊少年ジャンプ』（2007年休刊）
『月刊少年ジャンプ』は集英社が1969年より刊行を開始した月刊漫画雑誌です。
当初の誌名は「別冊少年ジャンプ」でしたが、1974年に「月刊少年ジャンプ」へと変更されました。
70年代にスタートした人気作は『キャプテン』（ちばあきお）、『どぐされ球団』（竜崎遼児）、『ガッツ乱平』（百里あきら）、『実録シリーズ』（島田賢司）など。
80年代からも『わたるがぴゅん！』（なかいま強）、『イレブン』（七三太朗・高橋広）、『かっとび一斗』（門馬もとき）などのスポーツ漫画が続き、また『ダッシュ！翔太郎』（西岡たか史）、『やるっきゃ騎士』（みやすのんき）、『優&魅衣』（あろひろし）などラブコメ色の強い作品も人気を博しました。
90年代の連載作品は『エンジェル伝説』（八木教広）、『I’ll』（浅田弘幸）、『鬼神童子ZENKI』（谷菊秀・黒岩よしひろ）、『自由人HERO』（柴田亜美）、『地獄甲子園』（漫☆画太郎）など更にバラエティ豊かに。
一方で競合する「月刊少年マガジン」との差別化のため、低年齢層を意識したメディアミックスを行うようにもなりましたが、皮肉にもその方針が同じ集英社の「月刊Vジャンプ」やエニックスの「月刊少年ガンガン」との衝突を招くことになります。
2000年以降も『CLAYMORE』（八木教広）、『ギャグマンガ日和』（増田こうすけ）、『DRAGON DRIVE』（佐倉ケンイチ）、『ロザリオとバンパイア』（池田晃久）などヒット作はありましたが、看板作品であったダイの大冒険コンビの『冒険王ビィト』（三条陸・稲田浩司）が作者体調不良のため休載となって以降は部数が落ち込み、2007年をもって休刊が決定しました。
なお、一部の連載作品は『ジャンプSQ.（スクエア）』に移籍しています。
講談社『コミックボンボン』（2007年休刊）
かつて児童漫画雑誌で小学館のコロコロコミックと人気を二分した『コミックボンボン』。
1981年の創刊以降、少年たちの根強い支持を受けていました。
80年代にはガンプラブームを社会現象に押し上げた『プラモ狂四郎』（クラフト団・やまと虹一）、リアル路線のポケットバイク漫画『おれのサーキット』（山口博史）、ファミコンブームに乗った『ファミコン風雲児』（池原しげと）や『ファミ拳リュウ』（池原しげと）、サンライズ系ロボットアニメのコミカライズなどで人気を博し、90年代前半に『SDガンダム』関連作品が大ヒットした時期はコロコロコミックを凌ぐ売り上げを記録しています。
90年代半ばからはライバルのコロコロコミックがホビー漫画やポケットモンスターとのタイアップで躍進し、コミックボンボンは苦境に立たされます。
しかしボンボン側も『がんばれゴエモン』（帯ひろ志）、『ロボットポンコッツ』（下田淳・タモリはタル）、『ロックマンX』（岩本佳浩）、『メダロット』（ほるまりん）、『真・女神転生デビルチルドレン』（藤異秀明）などのタイアップ作品を発表。またオリジナル作品も『王ドロボウJING』（熊倉裕一）や『サイボーグクロちゃん』（横内なおき）等が人気を博しました。
しかし90年代末期からは新編集長が新機軸を打ち出して人気作品を次々に打ち切りにするなど迷走し、かえってマニアックな誌面という最大の強みを自ら手放すことに。2006年には大幅リニューアルを行うものの部数低迷に歯止めがかからず、2007年をもって休刊となってしまっています。
