装甲騎兵ボトムズ

アストラギウス銀河はギルガメスとバララントの二大勢力により、開戦の理由を誰もしらない戦争を100年続けていた。
その百年戦争の末期、ギルガメス軍の一兵士、装甲騎兵である「キリコ・キュービィー」は味方の基地を強襲するという不可解な作戦に参加することになる。
事情が分からないままその作戦により戦闘をしていたキリコは一つのカプセルを発見する。そのカプセルを開くと中には裸体の一人の女性が眠っていた。
その女性が目を開きキリコを凝視すると同時にキリコはそのカプセルを閉じる。
混乱するキリコの元に上官のコニンが現れ今回の作戦の本来の目的はそのカプセルの中にいた軍の最高機密である「素体」と呼ばれる女性であったことが語られる。
その後に偵察任務を命じられそこで罠に嵌められ殺されそうになったキリコ。キリコを救ったのは味方の部隊だった。
しかし、その部隊はキリコの目撃した素体の情報を吐かせようとキリコを拷問にかける。それを耐えきり隙を見つけたキリコは軍からの脱出に成功する。
軍の最高機密を見てしまい、さらに軍から逃げたキリコは軍から追われるようになり、様々な町や星への逃亡の旅を始め、その逃亡と戦いの中で様々な陰謀を解き明かし、さらには自分の出生の秘密等、更なる謎に迫っていく。

クレント星の内部に侵入したキリコ。
キリコは襲い掛かってくるアーマードトルーパーを迎撃しながら先へと進んでいく。
そして壁をすり抜けとある空間に出るとそこには天井も見えないほどに高い機械の塔を発見する。
それを見つけたキリコの元にフィアナが現れ、この塔の向こう側にこの世界の神ともいえる存在、ワイズマンがいることがわかる。
ワイズマンの力が欲しいのかと問うフィオナに欲しいと答えながらフィアナを撃つキリコ。フィオナが撃退されるとワイズマンが塔を登れとキリコに言う。
始めはアーマードトルーパーで塔を昇るがその途中で機体に限界が来てしまいキリコは生身でその塔を昇り始める。
塔を昇るにつれ体力が消耗していくキリコはワイズマンに姿を見せろというが、ワイズマンは自身の肉体はすでに滅んだという。そして肉体は滅んだが自分の記憶や意志は完全に保存されていると告げる。
キリコはワイズマンの力も借りて塔を昇りきるがその最上階に辿りついたところで力尽きて倒れる。そのキリコの前にワイズマンが力を明け渡すための伝達装置を差し出す。
倒れて動けないというキリコの前まで伝達装置がやってくるが、キリコは銃を撃ち伝達装置を破壊する。
元々キリコはワイズマンと心中するつもりだったのだ。
塔の最上階にある内部のデータを抜いていくが、そこでワイズマンはキリコの真実を語る。
キリコに今まで起こってきた出来事はワイズマンによって操作されていたこと。フィアナと出会った事すらもワイズマンによって引き起こされた事だという。
そして今まで起こってきた罪を超越するために自分の後継となり神になれと言うワイズマン。
しかし、それを振り払いながらキリコはワイズマンの内部を引き抜いて行く。内部が引き抜かれるたびにワイズマンの声が途切れ途切れになっていく。
ワイズマンの調子がおかしくなり始めていたころ、そのキリコの元にロッチナが現れキリコにワイズマンをこれ以上害すなと言うが、そのロッチナの背後からフィオナが現れるとロッチナを打倒す。
フィオナはキリコが自分を撃った時その弾丸が外れていたことからキリコの意志を覚っていたのだ。キリコとフィオナは協力してついにワイズマンの機能を停止させる。
そしてキリコとフィオナが脱出をするとクレント星は爆発して消滅した。
その一年後、ワイズマンは消滅したがギルガメス連合とバララント同盟は再び戦争状態になる。
戦争の準備をしているギルガメス基地を強襲して宇宙船を一基手に入れたキリコ一同。一同は辺境へとそれを持って辺境へと向かう途中、キリコとフィオナは自分たちをコールドスリープさせるカプセルに入れて宇宙へと放り出される。
キリコは宇宙を見ながら思う。
「ココナ、ゴウト、バニラ、シャッコ。皆に会えて良かった。そしてフィアナ……」