人気のロボットアニメ戦え!超ロボット生命体トランスフォーマー

はるか昔、超ロボット生命体「トランスフォーマー」が住む惑星・セイバートロンでは、平和を愛するサイバトロンと、武力による惑星の統治を目指すデストロンの2つの勢力が永きに亘り戦争を続けていた。
この戦争の影響によって、セイバートロン星のエネルギーは枯渇しようとしていた。
サイバトロンは総司令官コンボイの指揮の下、外宇宙へのエネルギー探索を開始。
デストロンも、破壊大帝メガトロンの指揮下で、これを妨害すべく追撃を開始。宇宙空間での戦闘中、双方の宇宙船が「とある惑星」の重力に引き寄せられてしまう。両宇宙船はその惑星に墜落。彼らは全員、機能を停止した。
400万年後、火山の噴火のショックで宇宙船のコンピューターが再起動し、生命再生装置により、トランスフォーマーたちは「その惑星」の到る所にあるエネルギーを蓄えられた物体の姿を借り、復活を遂げた。
メガトロン率いるデストロンは「この惑星」の豊富なエネルギーに目をつけ、宇宙支配の野望を抱く。対するサイバトロンも、それを阻止せんと立ち上がった。
こうして、サイバトロンとデストロンは1985年（原語版では1984年）の地球で、戦いを再開することになった。
彼らが目覚めるまでに、「とある惑星」で起こった戦いは『ビーストウォーズ』と『ビーストウォーズメタルス』の二作品で描かれている。これらの作品には今作のキャラクターも、わずかながら登場している。

悪の天才科学者アーカビルの発明したヒプノチップで
人間の心を自由に支配することに成功したメガトロンは
奴隷となった人々に命じて、大量のエネルゴンキューブを集めさせた。

さらに、メガトロンがニュー・スペースブリッジで
地球の周回軌道上に引き寄せたセイバートロン星の引力で
大地震と大津波が発生、地球は壊滅寸前となる。

一方、デストロンの奴隷に変えられてしまった父スパークプラグを救出すべく
スパイクは、セイバートロン星へと向かう。
しかし父は、スパイクに対して侵入者という警報ベルのスイッチを押したのである。

さぁ、果たしてスパイクは?　サイバトロンは?　そして、地球の運命や如何に?

デストロン本部に乗り込んだスパイク、バンブル、ゴングの前に、デストロンの傀儡となったスパークプラグが立ちふさがる。デストロン本部を守る防衛参謀レーザーウェーブ。すでにサウンドウェーブら、デストロン兵士たちも退路を塞いでいる。続けざまに襲ってくるデストロン兵士たちを、ゴングが次々に投げ飛ばす。ゴングの銃撃がサウンドウェーブを吹き飛ばす。スパークプラグがスパイクたちの退路を塞ぐ。本部を脱出し、ビークルモードで疾走するサイバトロンたちを、デストロンたちが追う。デストロンたちがジェット機に変形し、空から追撃をかける。しかし今度は、地上タイプのビークルモードのデストロン兵士たちが、ホイルジャックたちを追跡して来る。サイバトロンたちは通路を曲がり、入口からラボの中へ。
デストロンたちは入口に気づかず、そのまま通り過ぎて行ってしまう。
バンブルの持つデータを、ホイルジャックが解析にかかる。
画面に映し出される、奴隷化された人間の姿。耳の後ろに小さなチップがある。そして地球、セイバートロン星の異常接近による一大パニック。
地球破滅の日をなんとか阻止せんとするコンボイ、それにサイバトロン戦士たち。コンボイたちが海上を大波に乗って滑走し、デストロン基地を目指す。破壊大帝メガトロンの一大プロジェクト──
それは、ニュー・スペースブリッジでセイバートロン星を地球に近づけ、互いの重力干渉によって巻き起こる大津波・大地震からエネルゴンキューブを作ろうというものだ。労働には、奴隷と化した人間たちが駆り出されていた。機材を運ぶ奴隷の一人が、つまづいて倒れる。津波もろとも、サイバトロンたちが基地へ突撃。防波堤が津波に耐え切れず、崩壊する。
波が砕けた中から、コンボイたちが顔を出す。デストロンの宇宙船が離陸して行く。そのときだ!
海中からスタースクリームが姿を現し、アーカビルを助ける。そして、セイバートロンのデストロン本部。Dr.アーカビルによって奴隷にされてしまった父スパークプラグの救出に向かったスパイクだったが──デストロン本部を抜け出したものの、まだまだ油断はならなかった。攻撃タワーからの狙撃の雨が降り注ぐ。スカイファイアーの連続攻撃で、攻撃タワーが大爆発。こうして、無事スパークプラグを救出した一行は地球へ。スカイファイアーが仲間を乗せ、地球へ向かう。
再び地球──　デストロン軍団は、この絶海の孤島で最後の輸送準備をしていた。
孤島に着陸しているデストロン宇宙船。何人もの地球人奴隷が、エネルゴンキューブを船内へと積み込む。 その様子を、コンボイたちが陰から窺っている。デストロンは退散したものの、地球は最大のピンチを迎える。あまりに巨大な津波にコンボイが愕然とし、その手から銃が落ちる。
スパイクがコンボイの落とした銃を抱え、空に向かって撃つ。一同が空に向かって一斉射撃。メガトロンの乗った宇宙船に、攻撃が降り注ぐ船内のエネルゴンキューブが誘爆し、宇宙船が大爆発。 強烈な衝撃が地表にまでおよび、大地が揺らぎ、暴風が吹き荒れる。 セイバートロン星がみるみる、空へと飛び去って行く。やがて津波もやみ、もとの平穏な海面に戻る。コンボイの心配は当たっていた。その頃、メガトロンは宇宙空間を漂っていたのだ──　生きて!宇宙空間。宇宙船の残骸が漂う中、傷だらけになったメガトロンの姿がある。メガトロン「この仕返しはいつか……　必ず果たすぞ!」