赤いボタンを知ってるか？戦国魔神ゴーショーグンを思い出してみよう！

全世界に根を張り、全人類の支配を目論んでいる秘密結社ドクーガは、三将軍であるブンドル、ケルナグール、カットナルを縦横無尽に操り工作活動を行わせる。その一方で、科学者・真田博士が発見した謎のエネルギー体『ビムラー』の奪取を企んでいた。
これを阻止しようと、謎の男サバラスが率いる北条真吾、キリー・ギャグレー、レミー島田の私設部隊「グッドサンダーチーム」は、真田博士の遺児である真田ケン太と共に、ビムラーを動力源とする巨大メカ「ゴーショーグン」と、ゴーショーグンの母艦「グッドサンダー基地」で戦いを挑んでいく物語である。

「赤いボタンを知ってるか？」耳に残る歌詞なので覚えてる人も多いはず。

ビムラーエネルギーが、その破壊力を失うまであと10時間。グッドサンダーとドクの秘密基地オールワールド銀行本社は、最後の戦いを前に静かににらみ合っていた。
物語の主人公であるケン太は、父（のイメージ）と最後の話をしていた。その内容は、明日ケン太が十三才になりビムラーが第四段階を迎えた時、ケン太は宇宙の意志・ビッグソウルから宇宙にはばたき、他の宇宙生命と共に生きる資格を与えられる、というもの。地球のソウルの代表として、地球の生命が宇宙にはばたくべきか否かを決めるのだ・・・勿論、それを決めるのは他の誰でもない、ケン太自身だ。
父が全てを告げてから、ケン太が結論を出すまで時間はかからなかった。
その後、ケン太はＯＶＡ（母親代わりのロボット）に自分の出した結論を告げ、OVAは複雑な想いながらもその背中を押した。時が来れば、子供は親の元から巣立っていく。それを見送るのが「母親」としての役目なのだ。
その頃、両陣営の全員が最後の戦いを前にそれぞれの想いを馳せていた。
真吾は一心不乱に銃を撃ち続け、キリーはため息をつきながら自叙伝を綴り、レミーは最初で最後の女らしい生活を過ごしていた。ブンドルは尺八を吹きながら登場BGMを考え、カットナルは自分を捨てた母親を想い涙を流し、ケルナグールは奥さんの写真を見ながら過去を振り返っていた。

ビムラー第四段階まで残り３分５９秒、ゴーショーグンが発進する。カウント０と同時にビムラーが第４段階へと進化し、グッドサンダー基地はその光と共に消滅した。
それを合図にドクーガ軍団と三大将軍達はゴーショーグンへと襲い掛かろうとする。真吾は応戦しようとするが、突如ゴーショーグンが勝手に動きだしゴーフラッッシャーが発射される。それは、今までとは全く異なるオーラのような光。その光を浴びたドクーガ軍団のメカと三大将軍の戦艦はピタっと動きが止まってしまう。
ゴーショーグンが勝手に動いたのは、ケン太の意志。ゴーフラッシャーは、眠っていたメカの魂を呼び起こす光だったのだ。メカが動きを止めたのは、敵味方関係なく同じメカ同志で争いたくなかったからなのだ。
その場にいた全員が戦意を喪失したかと思われたが、ネオネロスだけは諦めていなかった。体から火の玉を出し、戦意を喪失したメカ達を次々と破壊。
それを見たケン太は、真吾達をゴーショーグンから脱出させ、自らゴーショーグンを操り、メカ達とネオネロスに戦いを挑む。
激闘の末にネオメロスを撃破するが、それと同時に中性子爆弾を積んだミサイルが起動してしまう。このままでは間違いなく地球は滅びる。誰もがそう確信しうなだれたが、ゴーフラッシャーで爆弾の爆発を防いだ。だれもが信じられないといった顔をしていた。

さあ、そろそろ出発の刻だ。
自然や天気など、様々なものからソウルが出てきて、ケン太とゴーショーグンの周りで踊りはねている。
そしてゆっくりと空を飛び始めた。群衆は彼ら（ケン太、ゴーショーグン、無数のソウル達）を呆然と見上げ、真吾、キリー・レミーは別れの言葉で見送り、三大将軍達は称賛の言葉で別れを告げた。

何も終わってはいない。ケン太の旅は始まったばかりだ……。